古菌地球组学?看不懂就对了!宝德带你参加超超超高端的国际会议

作者:     2019-10-28 00:00:00

古菌地球组学?看不懂就对了!宝德带你参加超超超高端的国际会议

    古菌包含了一个不同的微生物谱系,代表了地球上最近发现的生命形式。它们生活在地球上最极端的环境中,具有不寻常的生理学,并留下分子化石,表明它们在古代微生物群落中的普遍存在。最近的基因组学研究进一步表明,它们广泛分布于海洋和陆地上的许多“非极端”生境中,在全球碳和氮循环中发挥着重要作用。然而,大多数古菌仍然未开垦,因此,有待科学界进一步的发现和探索。

 

    为推动全球努力解决与古菌生物学、生理学、多样性、生物地球化学、生态学和进化有关的基本问题,南方科技大学海洋古菌地球组学深圳重点实验室于2019年10月25日至27日在深圳茵特拉根华侨城酒店举办首届国际古菌地球组学研讨会(ICGOA),以古菌的进化、生态学/生物地球化学和生理学为主题。约30名来自世界各地的科学家将被邀请讲述古菌在生命进化、全球元素循环、气候变化以及工业和医学应用中的关键作用。期间,宝德受邀出席会议,并展示运用于科学研究的高性能计算产品。

    随着越来越多像古菌这样的微生物完全基因组测序,数据库不断扩大,大大推动了古菌组学研究的迅猛发展。同时,要得到条理清晰、论证有据,具有一定意义的结果单纯依靠传统意义上的生物学研究是无法实现的,生物信息学、理论生物学、实验生物学的完美结合无疑是其不可或缺的先决条件,而数学和计算机科学在其中扮演的角色就是用来分析序列的方法工具。利用数学的模型和有效算法通过计算机来处理生物数据,提取有助于生物学研究使用过的信息。

    针对此次会议中涉及的复杂计算,宝德推荐数据科学家建立AI计算平台,使用NVIDIA的DGX Station产品,利用深度学习分析的强大能力,依靠计算性能来更快的获得实验结果。即以计算机为工具对古菌基因组序列进行数据处理和信息提取,最后生成数据库,进而利用数据库中的数据进行语义分析。

    AI和深度学习要求在软件工程方面投入大量精力,这项投资可能会导致项目延误;还需要等待优化基础架构来提高性能,不断投入额外的时间和资源,管理成本会随着系统规模的扩大而增加。而现在,只需要一台开创性的AI桌面工作站——NVIDIA DGX Station,在办公桌上即可进行 AI 实验,并可将工作扩展到整个DGX系统和云端。借助DGX 工作站,仅在安装设置方面就可以节省一个月时间,只需插入和接通电源,部署简单直观;集成软硬件的解决方案可让您将更多时间专注探索发现而不是组装组件上。

    一台NVIDIA DGX Station将四个服务器机架的计算能力融合到桌面中使用,可以提供相当于400个CPU的计算能力,而所需功耗不足其1/20。NVIDIA DGX Station具有出色的深度学习与分析性能,运行安静。经过优化的深度学习软件和热门的分析软件,相较现今最快的 GPU 工作站,深度学习训练性能提升了2倍。借助与此,研究人员可以大幅度提高工作效率。

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