HPC在华北某大学的成功应用

案例背景

 华北某大学是国家民族事务委员会直属的综合性重点大学,是全国唯一进入国家“211工程”和“985工程”建设的xx高等院校,在我国高等教育体系和民族团结进步事业中具有十分重要的地位。华北某大学医药研究中心专门从事医药科研,把传统医学和现代生物科技进行有机的结合。

案例分析

为了进一步加深对药物分子结构的研究,华北某大学医药研究中心希望采购一套高性能计算系统。该系统将结合使用Gaussian 等相关软件进行生物化学的科学计算和数据分析等,同时进行并行计算和深度计算,属于计算密集型高性能计算系统。因此整个HPC系统对研究方向所涉及的大规模高复杂性系统模型验证算法、大规模数据处理与服务等问题的研究要提供有效的支撑平台,对在整个实验室运转过程中的各种高性能与大容量应用要求和服务提供支撑平台。

解决方案:

本HPC集群系统所需服务器主要用于高性能科学计算,对化学领域的高分子运动规律和结构进行精确计算、精确分析等,对处理器的浮点运算和网络效率都要求高。
    经过与客户方深入的沟通,确定客户方主要的研究应用包括分子结构及其谱学的研究。主要包括分子间弱相互作用与分子识别,分子静态与动态结构,理论计算模拟,分子材料与器件的基础研究。主要包括层状三维结构与器件,超分子体系与化学生物学。主要包括分子识别与短肽及环核酸的组装体及其功能和其它相关体系。
    宝德科技在对华北某大学并行计算应用的特点进行深入的研究以后,专门为用户设计了一套满足大规模分析计算而设计了超级并行计算机集群系统。本系统遵循Intel开放的HPC生态体系架构来系统的部署所有的软硬件:以基于Intel IA架构四核服务器为计算结点,采用Cluster体系结构,通过1Gbit/s的千兆以太网络作为高速通信网路或实现互连,对外提供单一系统映像。它针对大规模科学并行计算设计,兼顾事务处理和网络信息服务。Intel还提供了系列的优化工具、编译工具、集群工具等众多高性能计算组件,为IA架构、标准互联的高性能计算系统应用提供高效率的保证。成为本次HPC项目成功的关键。

    立足宝德前期的成功合作案例和经验,在INTEL的大力支持下,宝德通过长期的校方应用方向和需求分析,运用INTEL解决方案中心的测试条件,同时兼顾后期校方的更大规模分子计算的扩展需要,针对性的推出了中央民族大学HPC应用方案。
    从运算能力,处理能力,数据容量等多个方面综合考虑,宝德HPC解决方案充分结合了客户的实际需要,华北某大学分子结构计算集群系统是一个是基于网络、面向科研等的大型高性能并行计算系统,该系统的基础是主控节点、计算节点等硬件基础平台的建设和互联系统的建设。宝德科技为华北某大学高性能集群系统可提供标准的Intel服务器平台系统,先进的高性能服务器集群系统,具有实时多任务并行操作的高性能、高可用性、高稳定性、可靠性、可扩展性等优势。英特尔服务器采用标准的Intel IA架构机架式设计,及根据系统环境的各种物理机械、电磁兼容性设计及冗余设计等,都严格按照国家规范进行。宝德与Intel联合成立的Intel Solution Center(ISC)设有正规的测试实验室,从产品、系统的研发开始就严把质量关,在网络环境下对各种新产品、新的解决方案系统进行各种满负荷的系统级模拟测试,保证为市场不断提供高稳定、高可用的服务器平台系统。
客户收益:
“宝德科技的高性能计算集群系统由于采用了业内领先的技术,不仅性能突出,安全稳定,对未来的扩展能力也极强,用户完全可以放心将来的集群扩展问题。整个集群的峰值计算能力以及实际预算能力这两项指标都能跻身同类产品的前列,从并行度上接近或赶上向量机的水平,同时又有一个更低廉的价格。”

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