中国某医学研究中心成功案例

案例背景

多年以前,改所从宝德购置了一套高性能计算集群系统,使其在基因分析等业务运行方面得到很大提升。但是,随着软件,硬件的飞速发展,该套集群的配置已经不能满足需求;与同行业的院所相比有一定差距。因此,该所决定构建一套新的生物信息计算分析集群,为其下属各实验室提供一个统一计算平台。此外新的集群希望能有一个高效的IO存储子系统,满足计算时大量数据输入、输出的要求。

案例分析

宝德高性能计算集群系统分层次设计,按照Intel的高性能计算生态系统部署,自上而下,按照:HPC并行应用程序→中间件集群管理和通信库以及各类 软件优化工具→操作系统→计算节点和主控节点的硬件平台→系统环境的部署设计:包括散热、电源、空间布局等规范化的设计。
    Intel高性能计算生态系统是Intel在业界多年研究和分析的结晶,科学的层次化部署,将复杂的大型并行计算平滑移植到性价比良好的IA架构 的平台上,并保证相当的效率,不但为大型并行计算问题开拓出了新的解决方案,也为未来的网格计算做好了相当的理论设计基础。
本系统采用纯英特尔服务器机架式设计,继承了Intel服务器平台七大技术,保证高性能计算系统平台的高可靠、高可用和可维护性:

解决方案:

 


硬件环境:
服务器机型: PR2700D, PR1760T,PR3015S
处理器: PR2700D,CPU:2*5355(clovertown 2.66G 1333MHZ) PR1760T,CPU:4*5355(clovertown 2.66G 1333MHZ) PR3015S,CPU:2*5355(clovertown 2.66G 1333MHZ)
内存:PR2700D,8*2G FB DDRII 667 ECC PR1760T,16*2G FB DDRII 667 ECC PR3015S,8G FB DDRII 667 ECC
硬盘:PR2700D,3* 500G SATA PR1760T,4* 160G SATA PR3015S,15* 750GB SATA
网卡 :2×1000M网卡
其他:H3C S5100-48P-EI交换机,附送 1台磁带机 1个管理节点 2个计算节点
软件环境: 操作系统:Linux
数据库:MySQL Enterprise Basic
应用软件系统:BLAST2.2.17、BLAT4.56、FASTA3.4、ClustalW1.84、MUMmer3.18、 InterproScan4.0、HMMER2.3.2、tRNAScan-SE2、miRanda1.9、GenScan1、TwinScan3、 Wu-BLAST2、EMBOSS3.01、NT151、NR151、BGF、RefSeq mRNA2、Swissprot+Trembl49.1/32.1、GO2006-02-01、Bioperl1.4、Biojava1.4、FGF、 Ka/Ks、 其他:华大基因生物信息软件。

 本次采用INTEL架构服务器搭建的管理信息系统,充分体现了领先一代的Intel IA平台从研发到制造工艺,Intel积累了近二十年的技术结晶,厚积薄发,为高性能计算研究领域提供最好的计算平台。 某医学研究所在全国还有11家类似的研究机构,在不远的将来很多都需要使用一套类似的计算信息系统,这个项目有着标志性的意义。

 

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